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不会的，因为碎片整理操作就是把硬盘中的冗余数据，合并起来 。意思就是说 ，把分散的多余小空间 ，集中成一个大空间。所以说，只是集中空间 ，并不是删除文件。
虽然电脑是双系统 ，但还是公用一块硬盘吧？所以说，只清理碎片 ，不会有文件丢失 。
另外 ，说一下磁盘清理的几个小注意事项吧：
1 、磁盘碎片整理可以提高文件的读写速度，可是盲目地进行整理 ，却有可能发生一些不必要的危险 ， 这就要求我们注意以下事项：1 、整理期间不要进行数据读写 进行磁盘碎片整理是个很漫长的工作，不少朋友喜欢在整理的同时听歌、打游戏 ，这是很危险的 ，因为磁盘碎片整理时硬盘在高速旋转，这个时候进行数据的读写，很可能导致电脑死机 ，甚至硬盘损坏 。
2、不宜频繁整理 磁盘碎片整理不同于别的电脑操作 ，硬盘会高速连续旋转，如果频繁进行磁盘碎片 ，可能导致硬盘寿命下降 ，建议一个月左右整理一次。
3 、做好准备工作 。 在整理磁盘碎片前应该先对驱动器进行“磁盘错误扫描 ”，这样可以防止系统将某些文件误认作逻辑错误而造成文件丢失 。具体操作是（以Windows XP为例）：在“我的电脑 ”中选择要整理的驱动器 ，单击鼠标右键 ，在弹出的菜单中选择“属性”，进入“工具”选项卡 ，点击“查错 ”栏中的“开始查错 ”按钮 ，然后按提示操作即可。
4 、双系统下不要交叉整理 很多朋友都安装有Windows 98和Windows XP双操作系统，但是由于系统兼容性等原因 ，交叉进行磁盘碎片整理可能会造成文件易位、混乱甚至系统崩溃 ，所以建议朋友们在Windows 98中整理Windows 98分区，在Windows XP中整理Windows XP分区 。
硬盘就像屋子一样更需要常整理，要整理磁盘就要用到“磁盘碎片整理程序”这个东西 ，磁盘碎片整理程序可以对使用文件分配表 (FAT)文件系统 、FAT32 文件系统和 NTFS文件系统格式化的卷进行碎片整理 。磁盘碎片整理其实就是把硬盘上的文件重新写在硬盘上 ，以便让文件保持连续性。
只有连续长时间频繁的读写硬盘才会对磁盘造成一定的伤害，但整理碎片并不算伤害硬盘 ，因为大多数人不会每天都整理一次 ，且每次整理的时间亦很短，并不会长时间的读写硬盘 。关于整理碎片会损害硬盘的使用寿命,可不必太在意 。建议最少每月作一次到两次磁盘碎片整理 ，使硬盘的读写速度保持在最佳状态
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